指甲上有凹陷小坑的治疗方法主要包括针对病因治疗和一般治疗。以下是具体的治疗方法：
针对病因治疗：
1.缺铁性贫血：如果指甲凹陷小坑是由缺铁性贫血引起的，患者可以在医生指导下补充铁剂，如硫酸亚铁片、琥珀酸亚铁片等。同时，多吃富含铁的食物，如动物肝脏、瘦肉、菠菜等。
2.甲癣：甲癣是由真菌感染引起的，可导致指甲变形、变厚、有凹陷小坑。患者可在医生指导下使用抗真菌药物，如盐酸特比萘芬乳膏、硝酸咪康唑乳膏等。必要时，可口服抗真菌药物进行治疗。
3.银屑病：银屑病是一种慢性炎症性皮肤病，可能导致指甲出现凹陷小坑。患者可在医生指导下使用糖皮质激素药膏等进行治疗。
一般治疗：
1.保持指甲清洁干燥，避免接触刺激性物质。
2.剪短指甲，避免指甲过长导致损伤。
3.多吃富含蛋白质、维生素和矿物质的食物，如鸡蛋、牛奶、新鲜蔬菜和水果等，有助于指甲的健康生长。
4.避免过度修剪指甲边缘，以免形成嵌甲，加重指甲损伤。
总之，指甲上有凹陷小坑的治疗方法需要根据具体病因来选择。在治疗过程中，患者要保持良好的生活习惯和饮食习惯，以促进指甲的恢复。如有疑虑或症状加重，请及时就医检查。