根據巴爾幹戰爭後的布加勒斯特條約的馬其頓地區的劃分
主条目：北马其顿历史
马其顿古为希腊文明北端的边疆地区，时而常被雅典等希腊文明中心爱琴海地区的人嘲笑其未开化，但古马其顿人本身亦是希腊人的一支，其所说的古马其顿语亦为古马其顿王国境内的古希腊语西北方言的统称。亚历山大帝国崩溃后，马其顿地区先后由罗马帝国、拜占庭帝国（希腊人所主导）等统治。5世纪起斯拉夫人开始进入马其顿地区（尤其是马其顿的内陆地区）定居，因而奠定了现代马其顿南北之分（南：希腊人/北：斯拉夫人）的基础。
837年时保加利亚征服了马其顿，并于10世纪末在该地的奥赫里德定都。1018年拜占庭帝国又征服了马其顿，在接下来的几个世纪里马其顿多次在拜占庭帝国、保加利亚和塞尔维亚之间转手。15世纪初奥斯曼帝国征服了马其顿，并开始了长达500年的统治。
19世纪时希腊、保加利亚、塞尔维亚复国运动相继展开，民族主义高涨，马其顿也成为三国的必争之地。1878年签订的《圣斯特凡诺条约》规定该地划归保加利亚大公国，但由于列强干涉而未成功，导致马其顿内部革命组织的出现，谋求与保加利亚统一。1913年三国在共同针对奥斯曼帝国的第一次巴尔干战争中获胜，奥斯曼帝国将马其顿割予三国，但三国之间又因马其顿具体分割方案爆发第二次巴尔干战争，最终希腊、塞尔维亚击败保加利亚，三国将马其顿瓜分。塞尔维亚所得到的部分就是现代北马其顿共和国的领土。第一次世界大战之后，塞属马其顿连同塞尔维亚成为南斯拉夫王國的一部分。
第二次世界大战时，希腊、南斯拉夫为同盟国，保加利亚参加了由納粹德國主导的轴心国阵营，希腊、南斯拉夫被德軍占领之后，保加利亚分得了马其顿的大部分地区，但战争结束后各国之间的边界又还原到战前的形势。
北马其顿在前南斯拉夫社会主义联邦共和国的位置
二战之后，南斯拉夫成为由铁托所领导的社会主义国家，初始定名南斯拉夫联邦人民共和国。1946年时铁托将马其顿地区从塞尔维亚分开，成为一个南斯拉夫直辖的社会主义共和国。1991年9月25日马其顿从南斯拉夫和平分离，但马其顿共和国随即和希腊爆发国名争端，最后马其顿共和国于1993年以“前南斯拉夫马其顿共和国（F.Y.R.O.M）”的名义加入联合国。希腊共和国最终在1995年解除该国的经济封锁。[5]
1999年，南斯拉夫联盟共和国内部爆发科索沃战争，近40万阿尔巴尼亚族难民从科索沃涌入马其顿共和国。2001年春，该国西部的阿族人开始进行武装叛乱，引发短暂的内战，后来双方于6月在欧盟官员的调停下达成停火协议，阿族同意放下武装，政府同意给予阿族人更多权力，阿族人得以进入共和国的议会并参与选举，之后国内的民族关系有一定的改善。
随着2019年国名更名为“北马其顿共和国”，2020年3月27日北马其顿正式加入北大西洋公约组织。